در صورتی که عده‌ای از اعضای انجمن علاقه‌مند به یک حوزه تخصصی در زمینه علوم و مهندسی کامپیوتر باشند، انجمن اقدام به تأسیس گروه تخصصی در آن زمینه و تهیه بودجه مورد نیاز برای انجام فعالیت‌های آن گروه می‌نماید. اعضای گروه‌های تخصصی انجمن در جلسات و گردهمایی‌های خود به ارائه سخنرانی، انتقال تجربیات و هرگونه بحث تخصصی دیگر در موضوع آن گروه می‌پردازند. سرپرست هر گروه تخصصی که مسئولیت هماهنگی فعالیت‌های گروه و ارتباط با هیأت مدیره انجمن را دارد از سوی انجمن تعیین می‌گردد.

انجمن انفورماتیک ایران تا کنون 7 گروه تخصصی را به نام‌های زیر تأسیس نموده است:
1. گروه تخصصی برنامه‌ریزی منابع سازمان
2. گروه تخصصی تحلیل کسب و کار
*زیر گروه تخصصی مدیریت فرآیند‌های کسب و کار
3. گروه تخصصی مدیریت پروژه‌های فناوری اطلاعات
4. گروه تخصصی معماری نرم افزار
5. گروه تخصصی نرم افزار‌های سیستمی
6. گروه تخصصی شبکه و سخت افزار
7. گروه راهبری و مدیریت خدمات فناوری اطلاعات