در صورتی که عده‌ای از اعضای انجمن علاقه‌مند به یک حوزه تخصصی در زمینه علوم و مهندسی کامپیوتر باشند، انجمن اقدام به تأسیس گروه تخصصی در آن زمینه و تهیه بودجه مورد نیاز برای انجام فعالیت‌های آن گروه می‌نماید. اعضای گروه‌های تخصصی انجمن در جلسات و گردهمایی‌های خود به ارائه سخنرانی، انتقال تجربیات و هرگونه بحث تخصصی دیگر در موضوع آن گروه می‌پردازند. سرپرست هر گروه تخصصی که مسئولیت هماهنگی فعالیت‌های گروه و ارتباط با هیأت مدیره انجمن را دارد از سوی انجمن تعیین می‌گردد.

انجمن انفورماتیک ایران تا کنون 8 گروه تخصصی را به نام‌های زیر تأسیس نموده است:
1. گروه تخصصی کاربران یونیکس
2. گروه تخصصی آموزش الکترونیکی
3. گروه تخصصی نرم‌افزار
4. گروه تخصصی شیء گرایی
5. گروه تخصصی چندرسانه ای
6. گروه تخصصی شبکه
7. گروه تخصصی ERP
8. گروه تخصصی مدیریت پروژه

دو گروه تخصصی اول به ترتیب پس از 4 و 5/1 سال به فعالیت خود خاتمه داده و هم‌اکنون فعال نیستند.